الزركون هو سيليكات طبيعية تحتوي على الزركون ZrSiO4 ويسمى الزركون (Zircon) أو الياقوت (Hyacinth) وهو منتشر في الطبيعة بشكل واسع، وله مجموعة متنوعة من الألوان الجميلة من البرتقالي إلى الأحمر، ويعتبر منذ القدم من الأحجار الكريمة، ويقال أن كلمة الزركون تأتي من الكلمة العربية زركون وهي الزنجفر، ويقال أيضا أنها تأتي من الكلمة الفارسية زرجون وهي الذهب، والياقوت يأتي من الكلمة اليونانية "زنبق"، ودولة جزيرة سريلانكا في المحيط الهندي غنية بالزركون. وقد عُرفت الأحجار الكريمة التي تحتوي على الزركونيوم كشكل من أشكال الزركون منذ العصور القديمة.
في عام 1789 وجد الألماني MHKlaproth أنه عندما درس الزركون، كان يوتكتيكيًا مع هيدروكسيد الصوديوم، وتم إذابة المبرد بحمض الهيدروكلوريك، وأضيف كربونات البوتاسيوم إلى المحلول، وتم ترشيح الترسيب وتنظيفه، ثم تم غلي الرواسب مع حمض الكبريتيك، ثم تم ترشيح أكسيد السيليكون، وترسبت الكالسيوم والمغنيسيوم وأكسيد الألومنيوم الذي لم يكن موجودًا، بعد إضافة كربونات البوتاسيوم إلى المحلول، لم يذوب هذا الراسب في الغسول مثل الألومينا، ولم يتفاعل مع الحمض مثل أكسيد المغنيسيوم، اعتقد كلابروث أن هذا الراسب كان مختلفًا عن الأكاسيد المعروفة سابقًا، وكان مكونًا من الزركون (الزركونيوم، بالألمانية)، وسرعان ما أكد الكيميائي الفرنسي دي بوث مورو وفوكيلين صحة تحليل MH Klaproth، والاسم اللاتيني للعنصر هو الزركونيوم، والرمز هو الزركونيوم، والذي يُترجم إلى الزركونيوم في اللغة الصينية.
في عام 1808، استخدم البريطاني إتش ديفي تيارًا كهربائيًا لتحليل مركبات الزركونيوم، دون جدوى، في عام 1824، استخدم السويدي جيه جيه بيرزيليوس البوتاسيوم لأول مرة لاختزال K2ZrF6 لإنتاج الزركونيوم المعدني، لكنه لم يكن نقيًا بدرجة كافية، وكانت صيغة التفاعل: K2ZrF6 + 4K=Zr + 6KF، ويمكن أيضًا استخدام الصوديوم في التفاعل كعامل اختزال، حتى عام 1914، استخدم الباحثان ليلي وهام في مصنع لتصنيع المصابيح الساخنة البيضاء المعدنية في هولندا بروجر رباعي كلوريد الزركونيوم اللامائي وفائض من معدن الصوديوم في كرة فارغة، تم تسخينها بالتيار الكهربائي عند 500 درجة، وحصلوا على الزركونيوم المعدني النقي.
لم يتم إنتاج الزركونيوم النقي تمامًا إلا في عام 1925 بواسطة الكيميائيين الهولنديين أنطون إدوارد فان أركيل ويان هندريك دي بور عن طريق تحلل رباعي يوديد الزركونيوم (ZrI4). يتم إنتاج الزركونيوم بكميات كبيرة عن طريق تسخين رباعي كلوريد الزركونيوم مع المغنيسيوم.